Con el conflicto estudiantil de 1968, la represión oficial llegó a límites nunca antes imaginados. El problema se inició después de que las escuelas vocacionales 3 y 5 del Instituto Politécnico Nacional fueron ocupadas por granaderos, con el pretexto de sofocar una riña callejera entre los estudiantes de esos planteles y los de la preparatoria particular Isaac Ochoterena. Después de estos hechos, una organización que llevaba años controlando la vida estudiantil del Politécnico, la Federación Nacional de Estudiantes Técnicos (FNET), convocó a una manifestación de protesta que tendría lugar el 26 de julio.
Casualmente, el mismo día se iba a celebrar otra manifestación para conmemorar el aniversario de la revolución cubana, convocada por el Partido Comunista. Cerca de cinco mil estudiantes se separaron de su propia manifestación para unirse a la otra y llegar al Zócalo, a pesar de que ya se tenía noticia del enorme despliegue policial que los esperaba. El enfrentamiento duró varias horas, mientras la sede del Partido Comunista era ocupada por agentes del gobierno que aprehendieron a varios militantes. El día 27 los estudiantes, en un acto de protesta, ocuparon los planteles 1, 2 y 3 de la Escuela Nacional Preparatoria de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y el día 29 hubo un enfrentamiento entre estudiantes y granaderos. Como estos últimos no lograban controlar la situación, pidieron la intervención del ejército, y en la madrugada del día 30 las fuerzas armadas entraron a los planteles mencionados, a los otros edificios de la preparatoria de la UNAM y a los de la vocacional del Politécnico. El enfrentamiento tuvo como resultado cuatrocientos lesionados y gran cantidad de detenidos.
El rector de la UNAM, Javier Barros Sierra, decretó luto en la máxima casa de estudios y afirmó que no cedería ante ninguna provocación. Unos días después, la UNAM, el Politécnico y otras universidades del interior del país se pusieron en huelga. El gobierno, que veía crecer el problema, decidió dar algunos pasos para iniciar el diálogo con la FNET, organización que presentó un pliego de peticiones, al que el Ejecutivo dio respuesta. Con todo, el movimiento estudiantil crecía, y se unieron al mismo varias universidades privadas y organizaciones de profesores. Se formó además el Comité Nacional de Huelga (CNH), que elaboró un pliego petitorio que anuló el de la FNET. El movimiento quedó integrado por varios grupos ideológicamente muy heterogéneos. A pesar de sus diferencias, eran grupos de clase media, inconformes por la imposibilidad de participar en el poder, a causa de la ausencia de un sistema democrático en el país. Estaban en contra del Estado fuerte y autoritario que encarnaba Díaz Ordaz.
Durante los meses de agosto y septiembre la situación se fue agravando, mientras el mundo fijaba su atención en México porque se acercaban los Juegos Olímpicos. El 28 de agosto, ante la amenaza de que los estudiantes permanecieran en el Zócalo hasta el 1 de septiembre, día del informe presidencial, tuvo lugar un violento desalojo. Poco después, el CNH declaró que no pretendía entorpecer la celebración de los Juegos. El gobierno, que negaba la existencia de presos políticos, rechazó todas las demandas y, el día del informe, Díaz Ordaz advirtió con firmeza que llegaría a cualquier extremo con tal de conservar el orden. Sin embargo, las manifestaciones estudiantiles continuaban. El 18 de septiembre, el movimiento comenzó a dividirse. A causa de la represión, el CNH se inclinaba por el diálogo, pero otro sector más radical se negaba.
El 23 de septiembre tuvo lugar un fuerte enfrentamiento entre los estudiantes y las fuerzas del gobierno en el casco de Santo Tomás, al norte de la Ciudad de México. El 27 del mismo mes, cinco mil personas asistieron a un mitin en Tlatelolco, en la plaza de las Tres Culturas, convocado por el CNH. En ese mitin se citó a la manifestación del 2 de octubre en el mismo lugar, que se celebró con la asistencia de cinco mil personas.
